Desde principios de 1673 vivió en el convento agustino en Madrid y durante ocho años mantuvo una activa correspondencia con su maestro Miguel de Irízar, maestro de capilla de la Catedral de Segovia entre 1671 y 1684.

Desde 1702 hasta por lo menos 1704 Ortiz de Zárate fue maestro de capilla del convento mercedario de Madrid. Sus cartas contienen información muy valiosa sobre el estado de la música española contemporánea, que revelan el amplio uso de villancicos, la dificultad de encontrar textos adecuados, el énfasis puesto en las voces altas y la creciente moda de la música de diez o más partes. Las composiciones y actividades de diversos músicos de Madrid, entre ellos Juan Hidalgo, Cristóbal Galán, Mathías Ruiz, Carlos Patiño y Juan del Vado, también se mencionan.

Tres villancicos de ocho partes suyos (uno con una parte obbligato de clarín) existen en manuscrito.